基督教（新教）于1831年由德国传教士郭士立传入上海。自19世纪后期至20世纪初，世界基督教的主要宗派均派遣传教士来上海，在传教的同时，还兴办医院、学校、出版、慈善事业等，基督教青年会、基督教女青年会等社会服务团体和慈善救济团体也进入上海。历史上，上海著名的教会大学有圣约翰大学、沪江大学，教会医院有同仁医院、宏仁医院，教会出版机构有广学会。

　　20世纪上半叶，在中国人民反帝反封建运动影响下，一些基督教界的有识之士对中国基督教实现独立自主，做出了不懈努力。1906年，上海俞国桢牧师组织中国耶稣自立会，提出“爱国爱教”口号，要求实现“自立、自养、自传”。中华人民共和国成立后，1950年7月，吴耀宗等40位基督教界人士在上海发表了《中国基督教在新中国建设中努力的途径》宣言，发起实行独立自办教会宗旨的“三自革新运动”。1958年，上海市基督教按照“求同存异、互相尊重”的方针，实行联合礼拜，不同宗派“彼此尊重”，改变了过去基督教宗派林立的局面。

　　为满足日益增多的在沪外国侨民的宗教生活需求，自1996年起，市基督教两会先后在国际礼拜堂和鸿恩堂开设了英语专场礼拜、在新泾堂开设了韩语专场礼拜。市基督教两会曾接待过英国坎特伯雷大主教、南非著名社会活动家图图大主教、美国著名布道家葛培理牧师、美国包乐布道会总裁包乐博士等；还接待了来访的外国国家元首、政府首脑，如挪威国王哈拉尔五世及王后、美国前总统卡特、克林顿、澳大利亚总理霍华德等。

　　上海基督教坚持服务社会的光荣传统，兴办了敬老院，组织信徒为赈灾帮困捐款捐物，积极响应国家号召对口支援偏远欠发达地区，2003年以来，累计捐款捐物达1066余万元。

　　截至2011年底，上海有基督教信徒21.80万人，教职人员275名，神学院一所，名为华东神学院，成立于1985年。全市基督教教堂（场所）169处，其中影响较大的有国际礼拜堂、沐恩堂、怀恩堂、景灵堂、清心堂、鸿恩堂等。

　　沐恩堂，原名慕尔堂，位于西藏中路316号，始建于1887年，现在的沐恩堂于1931年重新建造，包括大堂及钟楼、四层楼附屋等，可容1000人。大堂的方形柱子和楼座的栏杆都用假石饰面，堂顶为水泥尖拱顶，玻璃窗以黄色为主，映照出教堂的神圣氛围。

　　国际礼拜堂，位于衡山路53号。1920年美国基督徒在今东湖路，租借一场所做礼拜用，取名Community Church，中文为协和礼拜堂，取“协和万邦”之意。1923年发起建堂募捐，1925年３月新堂落成，礼拜用英语，参加者主要是美国基督徒，故称美国礼拜堂。抗战时改名国际礼拜堂。该堂是一座近代哥特式砖木结构的建筑，屋顶呈交叉形木屋架。大门朝北，两边设尖拱长廊，窗框均为弧拱形，镶嵌梅花纹玻璃。1996年8月起，国际礼拜堂每星期日下午开设了在沪外籍人士参加的英语专场礼拜。

　　景灵堂，位于昆山路135号，建于1924年，总面积为1067平方米，可容纳1500余人，是当时上海最大的礼拜堂。