上海市基督教三自爱国运动委员会成立于1955年，是上海基督教的爱国爱教组织，坚持自治、自养、自传，独立自主自办教会的原则，带领上海基督徒爱国爱教、荣神益人。同时，增强教内外团结，为办好上海教会提供服务，引导上海基督徒在促进经济社会发展中发挥积极作用。
    1955年3月17日，上海市基督教三自爱国运动委员会筹备委员会成立，同年4月25日至29日举行上海市基督教第一届代表会议，正式成立上海市基督教三自爱国运动委员会(以下简称“上海三自”)。陈见真当选为上海市第一届三自主席。罗冠宗当选为秘书长。

1956年5月，召开上海市基督教第二届代表会议，谢永钦当选为上海市第二届三自主席，罗冠宗当选为秘书长。

1961年6月，召开上海市基督教第三届代表会议，谢永钦当选为上海市第三届三自主席，罗冠宗当选为秘书长。
    1979年6月，召开上海市基督教第三届第三次全体委员会议，罗冠宗当选为三自主席。
    1981年8月，召开上海市基督教三自第四届代表会议，成立上海市基督教教务委员会。之后，市基督教三自爱国运动委员会的许多活动和工作，经常和教务委员会结合在一起，以“市基督教两会”的名义举行。会上，罗冠宗当选为第四届三自主席，尹襄当选为秘书长。

1986年5月，召开上海市基督教第五届代表会议，罗冠宗当选为第五届三自主席，尹襄当选为秘书长。
    1992年6月，召开上海市基督教第六届代表会议，罗冠宗当选为三自名誉主席，沈德溶当选为第六届三自主席，傅先伟当选为秘书长。
    1997年10月，召开上海市基督教第七届代表会议，罗冠宗当选为三自名誉主席，沈德溶当选第七届三自主席，华耀增当选为常务副主席，傅先伟当选为秘书长。
    2002年10月，召开上海市基督教第八届代表会议，罗冠宗当选为三自名誉主席，沈德溶当选为市基督教两会咨询委员会主席，傅先伟当选为第八届三自主席，颜志渊当选为秘书长。
    2008年4月，召开上海市基督教第九次代表会议，罗冠宗当选为三自名誉主席，沈学彬当选为第九届三自主席，陈志民当选为秘书长。
    2013年12月，召开上海市基督教第十次代表会议，沈学彬当选为第十届三自主席，陈志民当选为秘书长。
    2018年10月，召开上海市基督教第十一次代表会议，徐玉兰（女）当选为第十一届三自主席；王建华（女）、宁国敏、陈新、姜茜莉（女）、俞光植、谢炳国当选为三自副主席；张爱理（女）当选为秘书长；蔡慰慰（女）当选为监事。

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